オープンサイエンス

Unravel the mysteries of biological morphogenesis with a comprehensive framework that connects experimental observations, hypothesis formulation, simulations, and inference computations. This video showcases how these elements integrate to provide insights into the mechanisms driving tissue folding and 3D shape formation. Key Topics: Experimental observations as a foundation for modeling morphogenesis Hypothesis-driven simulations of tissue deformation Biological relevance to neural tube formation, intestinal villi, and beetle horn development Inference computations revealing the role of spatial patterns in differential growth This approach bridges theory and experiment, advancing our understanding of developmental biology and bioengineering applications. References: Yasuhiro Inoue, Makoto Suzuki, Tadashi Watanabe, Naoko Yasue, Itsuki Tateo, Taiji Adachi, Naoto Ueno Mechanical roles of apical constriction, cell elongation, and cell migration during neural tube formation in Xenopus, BIOMECHANICS AND MODELING IN MECHANOBIOLOGY (2016) https://doi.org/10.1007/s10237-016-0794-1 Yasuhiro Inoue, Tadashi Watanabe, Satoru Okuda, Taiji Adachi Mechanical role of the spatial patterns of contractile cells in invagination of growing epithelial tissue, DEVELOPMENT, GROWTH & DIFFERENTIATION (2017) https://doi.org/10.1111/dgd.12374 Yasuhiro Inoue, Itsuki Tateo, Taiji Adachi Epithelial tissue folding pattern in confined geometry, BIOMECHANICS AND MODELING IN MECHANOBIOLOGY (2020) https://doi.org/10.1007/s10237-019-01249-8 Kentaro Morikawa, Daichi Kuroda, Yasuhiro Inoue Impact of environmental asymmetry on epithelial morphogenesis, Scientific Reports (2022) https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y Kentaro Morikawa, Shinichi Morita, Kazuki Sakura, Akiteru Maeno, Hiroki Gotoh, Teruyuki Niimi, Yasuhiro Inoue Unveiling the role of differential growth in 3D morphogenesis: An inference method to analyze area expansion rate distribution in biological systems, Journal of Theoretical Biology (2023) https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2023.111650 Kentaro Morikawa, Yasuhiro Inoue Computational mechanics simulations on epithelial folding (Strengths, insights, and future challenges), Journal of Biomechanical Science and Engineering (2024) https://doi.org/10.1299/jbse.23-00562 Github: https://github.com/yasuhiroinoue https://github.com/k-morikawa68/ Visit our GitHub and explore the papers linked in the description for more details. Supported by MEXT KAKENHI Grant Numbers JP20H05947, JP15H05861.

Morikawa, K., Kuroda, D. & Inoue, Y. Impact of environmental asymmetry on epithelial morphogenesis. Sci Rep 12, 11326 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-15343-y https://github.com/k-morikawa68/SH_Simulator Illustrations used in this video are sourced from Freepik: Intestinal wall structure illustration by brgfx Human brain illustration by rawpixel.com Life cycle of a monarch butterfly illustration by brgfx White fabric texture photo by vector_corp Isometric genetic engineering set illustration by macrovector Special thanks to these creators for their wonderful work.

Mimura, T and Inoue Y., Cell-center-based model for simulating three-dimensional monolayer tissue deformation, Journal of Theoretical Biology, Vol. 571, 11560 https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2023.111560 https://github.com/TomohiroMimura/CellCenterModel

番組：ほっとけトーク・鹿児島大学特別編―「オタマボヤのハウス建築」 司会：財部めぐみ 出演者：小沼　健（鹿児島大学学術研究院理工学域理学系） 奄美テレビでの初回放送：2023年2月16日（木）19時～ 鹿児島大学国際島嶼教育研究センターでは、奄美群島での研究成果と、そこから見えてきた奄美群島の素晴らしさを、奄美テレビ放送番組「ほっとけトーク」にて放送しています。司会の財部めぐみ氏と鹿児島大学の研究者がトーク形式で分かりやすく研究内容をお届けします。番組を見逃した人は是非ここでご覧ください。 また、この動画にご興味を持たれた方は、下記のホームページをご覧になられると、さらに知識が広がります。 ・鹿児島大学　小沼　健先生の研究室のHP https://oiko-lab.com/ ・体の左右はどのようにできるのか？オタマボヤの左右非対称性を探る（小沼　健先生） https://academist-cf.com/journal/?p=13126 ・大阪大学　西田宏記先生の研究室のHP https://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/bio_web/lab_page/nishida/index-j.html

番組：ほっとけトーク・鹿児島大学特別編―「小さな脊索動物、オタマボヤ」 司会：財部めぐみ 出演者：小沼　健（鹿児島大学学術研究院理工学域理学系） 奄美テレビでの初回放送：2023年2月9日（木）19時～ 鹿児島大学国際島嶼教育研究センターでは、奄美群島での研究成果と、そこから見えてきた奄美群島の素晴らしさを、奄美テレビ放送番組「ほっとけトーク」にて放送しています。司会の財部めぐみ氏と鹿児島大学の研究者がトーク形式で分かりやすく研究内容をお届けします。番組を見逃した人は是非ここでご覧ください。 また、この動画にご興味を持たれた方は、下記のホームページをご覧になられると、さらに知識が広がります。 ・鹿児島大学　小沼　健先生の研究室のHP https://oiko-lab.com/ ・体の左右はどのようにできるのか？オタマボヤの左右非対称性を探る（小沼　健先生） https://academist-cf.com/journal/?p=13126 ・大阪大学　西田宏記先生の研究室のHP https://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/bio_web/lab_page/nishida/index-j.html

2021年，5月21日に開催された，WebAssembly講習会の動画です． HPのURLは https://sites.google.com/view/web-asen/ホーム です．

2022年11月5～6日 サイエンスアゴラ2022に出展しました。 https://www.jst.go.jp/sis/scienceagora/2022/ 学術変革領域研究（A)「素材によって変わる、『体』の建築工法」（からだ工務店） https://www.architect-bio.info/